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 Définition mycologique

30/7/2008

Définition mycologique

Autrefois classés avec les algues dans les végétaux «sans rameaux feuillés » : cryptogames, thallophytes, non chlorophylliens, ils constituent à présent un règne autonome, le cinquième règne ou règne fongique [du latin fungus = champignon].

Basée sur celle des végétaux, la définition de l'organisme fongique est d'abord négative : dépourvus de tiges, de feuilles et de racines. Il est formé d'un appareil végétatif appellé thalle, sans tissus fonctionnel ni organes différenciés, constitué de cellules végétatives allongées et cloisonnées nommées hyphes.

Ces hyphes s'associent le plus souvent en mycélium, sorte de feutrage difficile à voir à l'oeil nu et le plus souvent impossible à identifier en l'état. Parfois le thalle est un simple tube sans cloisons, on parle alors de structure coenocytique et de siphon.

Leur reproduction est très discrète et d'apparence capricieuse, tantôt asexuée, tantôt sexuée, au moyen de cellules spéciales, les spores. Le champignon ne produisant pas de fleurs, il ne peut être un fruit ou carpophore au sens botanique, aussi l'appareil portant les spores et permettant la reproduction est aujourd'hui désigné par «sporophore».

Chez les champignons supérieurs, cet appareil (souvent constitué d'un pied et d'un chapeau et alors appelé champignon par le commun) est particulièrement développé, le reste du champignon (le mycélium) étant souterrain ou dans le coeur du bois ou de l'hôte animal et donc invisible. Les champignons «inférieurs» peuvent aussi produire des sporophores, mais ceux-ci demeurent microscopiques. La plupart des champignons ont une structure pluricellulaires, mais il y a des exceptions notables : ainsi les levures sont unicellulaires.
Définition du règne fongique sont classés dans le règne des Fungi tous les organismes remplissant les conditions suivantes :
Ils sont eucaryotes (organismes possédant des cellules et dont les chromosomes sont enfermés dans un noyau).
Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone, qu'ils doivent donc trouver dans leur environnement immédiat. Incapables d'utiliser l'énergie solaire, ils absorbent de nombreuses molécules carbonées fabriquées par d'autres êtres vivants.
Ils sont absorbotrophes, se nourrissant par absorption (décomposition) et non par ingestion (caractère animal). Dépourvus de racines, tiges et feuilles, leur appareil végétatif, appelé mycélium, est diffus, ramifié et tubulaire, constitué de filaments fins enchevêtrés, les hyphes, à croissance apicale, permettant la nutrition par absorption. Dans la nature, la plupart des champignons supérieurs ont recours à la mycorhize, qui est une symbiose entre les racines d'une plante et le mycélium . Les racines de la plante produisent le glucose (du sucre) pour le champignon, celui-ci ne sachant pas le produire lui-même (manque de chlorophylle). Le mycélium procure en retour de l'eau et des sels minéraux inaccessibles aux racines de la plante.
Ils se reproduisent par des spores non flagellées ou exceptionnellement à un seul flagelle (caractéristique faisant que le mildiou, à deux flagelles, n'est plus aujourd'hui considéré comme un champignon). En réalité, un seul groupe de Mycètes, les seuls qui sont aquatiques aujourd'hui, présente des cellules mobiles (flagellées) : le groupe des Chytridiomycètes.
Ils fabriquent des substances qui leur sont propres (tréhalose, mannitol...), leur paroi contient de la callose, de l'hémicellulose et de la chitine (voisine de la chitine des insectes, caractère animal, alors que les végétaux possèdent une paroi cellulosique). Leur premier polymère glucidique est le glycogène.
Ils élaborent des structures, de formes très variables, les sporophores, capables de produire un nombre considérable de spores haploïdes après une phase à dicaryon plus ou moins longue ;
Il n'ont pas de différenciation sexuelle (périttogamie) et présentent une dicaryophase assez développée entre la plasmogamie et la caryogamie.

Classification

Historique

Les champignons ont été classés dans le passé comme faisant partie du règne végétal du fait de la présence d'une paroi cellulaire et de plusieurs similitudes entre leurs cycles de reproduction et ceux des algues. En 1969, Whittaker les aclassés dans un règne à part celui des Mycota sur la base de plusieurs caractères particuliers comme l'absence de chlorophylle et d'amidon.

Une des classifications les plus répandues est celle de Geoffrey Clough Ainsworth (1905-1998) et Guy Richard Bisby(1889-1958) dans leur Dictionary of Fungi (1971), bien qu'elle soit aujourd'hui profondément remaniée (9e édition en 2001) on trouve encore les anciennes versions de cette classification dans certains ouvrages.

Ancienne Classification d'Ainsworth :

Règne des Fungi, Division des Myxomycota (présentent des plasmodes)
Acrasiomycetes
Myxomycetes
Plasmodiophoromycetes

Division des Eumycota (ne présentent pas de plasmode)
+ Subdivision des Mastigomycotina (présentent des spores mobiles -zoospores-)
Chytridiomycetes
Hyphochytridiomycetes
Oomycetes
+ Subdivision des Deuteromycotina
+ Subdivision des Zygomycotina
+ Subdivision des Ascomycotina
+ Subdivision des Basidiomycotina

Ce premier règne des champignons comprenait un certain nombre d'organismes qui, par la suite, ont été replacés dans d'autres règnes :

Les Oomycètes et les Hyphochytridiomycètes qui sont maintenant classés dans les Straménopiles.
Les Myxomycota qui sont maintenant classés dans plusieurs groupes de protistes.

Classification actuelle

La classification actuelle des champignons distingue cinq divisions (ouembranchements) :

Chytridiomycota, ou chytridiomycètes : espèces aquatiques dont les spores portent un flagelle. On les considère comme les ancêtres de tous les autres champignons.
Zygomycota, ou zygomycètes : espèces à spores non flagellées dont les cellules ne sont pas séparées par des cloisons.
Ascomycota, ou ascomycètes : les spores sont produites à l'intérieur de sacs (les asques) et sont projetées, à maturité, à l'extérieur par ouverture de l'asque.
Basidiomycota, ou basidiomycètes : les spores se développent à l'extrémité de cellules spécialisées (les basides) et sont dispersées par le vent à maturité.
Glomeromycota, autrefois classés dans les Zycomycota ils sont maintenant considérés comme constituant une division à part.

Classification phylogénique

Les premières études de portions d'ADN et de chromosomes tendent à proposer une nouvelle classification, dite classification systématique des champignons (terme confus car déjà utilisé pour classification systématique classique), et coïncide de plus en plus avec la classification phylogénique, donc de moins en moins avec la classification morphologique.

Rôle Ecologique

Bien qu'ils passent souvent inaperçus, les champignons sont présent dans tous les types d'environnement sur Terre et jouent un rôle central dans beaucoup d'écosystème. Avec les bactéries, les champignons sont des décomposeurs qui participent à la dégradation de la matière organique dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. Ils ont un rôle primordial dans les cycles biogéochimiques et les chaînes alimentaires. La décomposition de la matière organique végétale par les champignons est une étape essentielle du cycle du carbone.

Beaucoup de champignons entretiennent des relations avec d'autres êtres vivants de type symbiose, mutualisme,
saprophytisme ou parasitisme. Une de ces relations très importantes est le résultat de l'association symbiotique entre des champignons et les racines des plantes : les mycorhizes.

Les Lichens sont formés par l'association symbiotique entre une algue ou une cyanobactérie et un champignon (essentiellement des Ascomycètes) mais aussi quelques Basidiomycètes.

La majorité des espèces fongiques sont saprophytes et dégradent la matière organique morte. Cependant, certains champignons sont des parasites des plantes, des animaux et de l'Homme, et aussi d'autres champignons. Les anthracnoses, les mildious, les oïdiums, les rouilles sont des maladies des végétaux. Les champignons pathogènes entraînent chez l'Homme et les animaux des mycoses comme les dermatophytose dues à Trichophyton, les candidoses dues aux levures Candida, les aspergilloses dues aux champignon du genre Aspergillus, les cryptococcoses de Cryptococcus... Quelques champignons, comme les Zoopagales, sont des prédateurs de Nématodes qu'ils capturent au moyen d'anneau ou de pièges adhésifs.

Par ailleurs, les champignons peuvent provoquer des biodétériorations qui peuvent être nuisibles comme lors de contamination et d'altérations organoleptiques de produits alimentaires ou lors de dégradation de divers produits comme le bois, le papier, des textiles, les peintures, la pierre, les métaux et même le verre.

Nutrition et environnement

Grâce à leur chlorophylle, la plupart des végétaux peuvent fixer le gaz carbonique de l'air par photosynthèse. On dit qu'ils sont autotrophes. Ce n'est pas le cas des champignons, hétérotrophes, qui doivent se débrouiller comme ils peuvent pour se procurer le carbone nécessaire à leur vie. Ils exploitent pour cela leur environnement immédiat, absorbant les matières organiques de trois façons différentes :

Les champignons saprophytes exploitent la matière organique morte ou en décomposition (feuilles mortes, débris végétaux ou animaux, excréments).
Les champignons parasites exploitent la matière organique vivante, qu'il s'agisse de végétaux, d'animaux (y compris les humains) ou même d'autres champignons.
D'autres champignons préfèrent la symbiose, association avec un végétal autotrophe, chacun des deux organismes tirant profit de cette association. La symbiose permet parfois de créer des êtres nouveaux, comme les lichens. Cette symbiose s'appelle mycorhize.

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